一、润肠通便
蜂蜜中富含的转化酶、淀粉酶、类蛋白酶等活性物质能增强胃肠的消化功能，同时蜂蜜中富含的有机酸、维生素、矿物质等成分能促进胃肠功能正常，而柠檬中也含有大量的有机酸、维生素及矿物质等成分，因此有消化不良或便秘的人不妨喝些蜂蜜柠檬水来改善胃肠功能。
二、美容养颜
蜂蜜中富含黄酮类化合物、多酚类化合物等抗氧化成分能清除体内过多的自由基并能抑制细胞色素的沉积，而柠檬中富含的维生素、柠檬酸等成分能改善新陈代谢功能并能起到淡化和消除色斑的效果，因此经常适量饮用蜂蜜柠檬水能使肌肤变得越来越白皙、嫩滑、有光泽。
三、减肥瘦身
蜂蜜中富含的脂肪酸、维生素及活性酶等成分能改善胃肠功能并有助于排出毒素，同时蜂蜜中富含的单糖(葡萄糖和果糖)能为机体补充能量且不易转化成脂肪，而柠檬中富含的柠檬酸、维生素、膳食纤维、果胶等成分能促进体内物质新陈代谢并能抑制糖类的吸收和转化肪。
四、增强免疫
蜂蜜中富含的单糖能为机体提供能量而能维持机体功能正常运作，同时蜂蜜中富含的氨基酸、维生素及活性酶等能促进免疫细胞的增殖，而柠檬中富含的维生素、矿物质及有机酸等成分对提高免疫力也有积极的作用，因此免疫力低下的人可适当喝些蜂蜜柠檬水来增强免疫。
五、止咳化痰
蜂蜜中富含的黄酮类化合物、葡萄糖氧化酶等成分对多种微生物都有抑制和灭杀作用，尤其是对呼吸系统感染而引起的咳嗽有绝佳的效果，而柠檬中富含的维生素、柠檬酸、橙皮苷、柚皮苷等成分也能理气化痰，因此呼吸道感染引起咳嗽时可喝一些蜂蜜柠檬水来止咳化痰。
注意：喝蜂蜜柠檬水的好处虽然比较多，但前提必须要适时适量的饮用，否则反而会给健康带来不利的影响，比如空腹饮用易伤及胃肠而导致胃肠病，而长期过量饮用则可能使人越喝越肥胖。