亚麻籽油在压榨制备后，经过短时间的存放，往往会生成一种苦味，这种苦味有时会越来越重。国内外学者针对亚麻籽油的苦味进行了广泛研究，目前认为造成亚麻籽油苦味的原因有３种：①亚麻籽中含有内源性生氰糖甙物质（如亚麻苦苷等物质）；②在亚麻籽皮中分离出的木酚素成分造成了这种苦味 （如落叶松树脂醇、异落叶松脂素等物质）；③大多数研究认为，亚麻籽油中的苦味物质来源于一种蛋白短肽“环八肽”，蛋白短肽中的苦味是由于其中包含水解质所释放出的疏水性氨基酸残基所致。一般天然蛋白质的疏水性基团都隐藏在内部，因而不会呈现苦味。然而蛋白质水解为小分子短肽时，就会露出这些疏水性基团，它们接触味蕾而呈现出苦味。 因此，亚麻籽油的苦味是纯正亚麻籽油本身的特性，味道微苦属正常现象，对人体也没有害处。