主要区别是，性质不同、形态特征不同、生长环境不同，具体如下：
一、性质不同
1、蕈菌
蕈菌，别称担子菌、伞菌。属于真菌界的子囊菌亚门和担子菌亚门，其中大多数都属于担子菌亚门。包括常见的双孢蘑菇、木耳、香菇、灵芝等。
2、蘑菇
蘑菇称为双孢蘑菇，又叫白蘑菇、洋蘑菇，隶属于真菌界的担子菌门、伞菌亚门。是世界上人工栽培较广泛、产量较高、消费量较大的食用菌品种。
二、形态特征不同
1、蕈菌
蕈菌的最大特征是形成形状、大小、颜色各异的大型肉质子实体。典型的蕈菌，其子实体是由顶部的菌盖（包括表皮、菌肉和菌褶）、中部的菌柄（常有菌环和菌托）和基部的菌丝体三部分组成。子实体是食用菌产生有性孢子的繁殖器官，也叫担子果 （子囊菌则称子囊果）。 典型伞菌的子实体，是由菌柄、菌盖、菌褶等部分组成的。
2、蘑菇
双孢蘑菇子实体中等大，菌盖初半球形，后平展，白色，光滑，略干渐变黄色，边缘初期内卷。菌肉白色，厚，伤后略变淡红色，具蘑菇特有的气味。菌褶初粉红色，后变褐色至黑褐色，密，窄，离生，不等长，菌柄白色，光滑，具丝光，近圆柱形，内部松软或中实，菌环单层，白色，膜质，生菌柄中部，易脱落。
三、生长环境不同
1、蕈菌
蕈菌在山区森林中生长的木生菌种类和数量较多，如香菇、木耳、银耳、猴头、松口蘑、红菇和牛肝菌等。在田头、路边、草原和草堆上粪、草生菌，有草菇、口蘑等。南方生长较多的是高温结实性真菌；高山地区、北方寒冷地带生长较多的则是低温结实性真菌。
2、蘑菇
蘑菇是一种室内种植的食用菌，从菌丝体逐渐生长成子实体，最终成为食用菌，在适合的环境中才能更好更快地生长。蘑菇属于腐生真菌中的一种，其体内并没有叶绿素的存在，因此不能直接在光照下进行光合作用。蘑菇生长过程中，主要是将培养料中的各类营养物质作为营养来源，从而实现生长发育。培养料一般由猪粪、牛粪以及磷肥、等各类物质组成 。
参考资料来源：搜狗百科-蕈菌
参考资料来源：搜狗百科-蘑菇
参考资料来源：搜狗百科-双孢蘑菇