益生菌是具有生物活性且对宿主健康有益的微生物。益生菌是微生物，是有生命力的，合适的条件下，会生长，繁殖，在我国是食品管理体系中，益生菌是作为食品新资源管理，使用的。每个不同的菌株有限定的生产方法，产品有规定的活性要求，有限定的使用范围，具体可以参考以下截图。
目前来说，益生菌广泛应用于动物饲料，婴幼儿配方奶粉，乳制品（酸奶，奶酪，养乐多等），保健食品，功能性饮料等等食品中。医药上也有专门的活菌制剂，比如培菲康。益生菌在生产上遇到的最大的问题是如何保持它的活性，特别是，在常温食品里，它的活性如何保证，另外，食用后，进入人体，传代以后，会不会变异，在人体肠道中到底能定殖多少，在复杂的肠道菌群环境中，会不会被别的肠道细菌的基因改变菌株特性。。。。。，益生菌有双向调节性，所以，便秘可以吃益生菌，腹泻时也可以作为辅助治疗。益生菌的一些不确定问题需要科学家进行更深入的研究，比如，人们也把益生菌用于动物饲料，让它们长肉，而另一方面，又用这些益生菌来作为减肥时调节肠道菌群，因为这是有生命力的活菌，而且细菌传代的时间又短，它们的功能如何保证按设计的方向走是一个挑战，如果按即定的方向走，效率怎么保证又是另一个挑战。益生菌摄入过多时，会有一过性腹泻的现象。
益生元是指那些可溶性的膳食纤维，一般是低聚糖，多聚糖，益生元不能被人体消化酶降解，但是可以被肠道菌群发酵，这些低聚糖包括人们熟悉的低聚异麦芽糖，低聚果糖，低聚乳果糖，贝塔葡聚糖，菊粉（这是多聚糖），还有医药上常用的乳果糖（食品名：异构化乳糖液）。肠道中以这些低聚糖，多聚糖为食物的细菌，发酵后，会分泌出一些短链脂肪酸，这些短链脂肪酸一方面能为肠粘膜吸收，维持粘膜健康，也为人体提供能量；另一方面，可以降低肠道pH值，抑制有害菌的生长（有害菌不耐酸），所以，以益生元为底物的菌，在肠道中占优势的时候，对人体肠道健康是有益的，这些菌，也就是前面提到的益生菌的，但是人体肠道中的益生菌比人们分离出来商品化的菌株更多，更复杂，哪种益生元促进哪个菌的生长，这个菌在慢性代谢性疾病中起什么作用，这就是生物学利用微生物组精准调控慢性代谢疾病的机理，要在实践中应用，还要考虑，摄入多大量刚好就能达到想要的目标。在食物中，全谷物中含有丰富的葡聚糖，大豆含大豆低聚糖，红薯，山药中也含低聚糖，柚子也含低聚糖，益生元有个特点，摄入一定量后，会不停放屁，如果单次摄入过多，也会有一过性腹泻的特点。
膳食纤维是=可溶性膳食纤维（益生元）+不溶性膳食纤维，可溶性的膳食纤维就是基本都是益生元，而不溶性的膳食纤维也有重要的生理功能，不溶性的膳食纤维吸水后能溶胀7-9倍，摄入后可以提供饱腹感，促进肠道蠕动，增加粪便体积，促进排便，本身的吸附功能也能排出部分肠内毒素，也为肠道益生菌提供合适的生长环境。不溶性膳食纤维主要来自谷物的皮壳，植物的根茎，各类蔬菜叶子，水果纤维，商业化的比如大豆纤维，广泛应用于蕃茄酱生产，还有圆苞车前子壳粉，应用于各类保健品，竹纤维，燕麦纤维，小麦纤维。。。。。。，广泛应用于各类食品。
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