日本料理主要分为三类：本膳料理、怀石料理和会席料理。
本膳料理
以传统的文化、习惯为基础的料理体系。源自室町时代，是日本理法制度下的产物。正式的「本膳料理」已不多见，大约只出现在少数的正式场合，如婚丧喜庆、成年仪式及祭典宴会上，菜色由五菜二汤到七菜三汤不等。
怀石料理
在茶道会之前给客人准备的精美菜肴。在中世日本（指日本的镰仓、室町时代），茶道形成了，有此而产生了怀石料理，这是以十分严格的规则为基础而形成的。日本菜系中，最早最正统的烹调系统是“怀石料理”，距今已有四百五十多年的历史。据日本古老的传说，“怀石”一词是由禅僧的“温石”而来。那时候，修行中的禅僧必须遵行的戒律是只食用早餐和午餐，下午不必吃饭。可是年轻的僧侣耐不住饥饿和寒冷，将加热的石头包于碎布中称为“温石”，揣到怀里，顶在胃部以耐饥寒。后来逐步发展为少吃一点东西，起到“温石”御饥寒的的作用，详情大家可以浏览日本料理专门网进行查阅。
会席料理
随着日本普通市民的社会活动的发展，产生了料理店，形成了会席料理。可能是由本膳料理和怀石料理为基础，简化而成的。其中也包括各种乡土料理。会席料理通常在专门做日本菜的饭馆里可以品尝到。
桌袱料理
桌袱是中国式饭桌，即八仙桌。桌袱料理是中国式的料理，有蘑菇、鱼糕、蔬菜的汤面、卤面等。其特色是客人坐着靠背椅，围着一张桌子，所有的饭菜都放在一张桌子上。这种料理起源于中国古代的佛门素食，由隐元禅师作为“普茶料理”（即以茶代酒的料理）加以发扬。由于盛行于长崎，故又称长崎料理。料理师在佛门素食内采用了当地产的水产肉类，便创立了桌袱料理。桌袱料理菜式中主要有：鱼翅清汤、茶、大盘、中盘、小菜、炖品、年糕小豆汤和水果。小菜又分为五菜、七菜、九菜，以七菜居多。一开始就先把小菜全部放在桌子上，边吃边将鱼翅清汤及其他菜肴摆上桌。
茶会料理
日本的室町时代盛行茶道，于是出现了茶宴茶会料理。最初的茶会料理只是茶道的点缀，十分简单。到了室町末期，变得非常豪华奢侈。其后，茶道创始人千利休又恢复了茶会料理原来清淡素朴的面目。茶会料理尽量在场地和人工方面节约，主食只用三器：饭碗、汤碗和小碟子。席间还有汤、梅干、水果，有时还会送上两三味山珍海味，最后是上茶。
大学料理
一般日本大学里的食堂料理主要有两大类——米饭和面条。米饭按配菜又分为咖喱类、炒菜类、油炸类、盖浇饭4类。常见的日本式咖喱有一般的牛肉咖喱、炸肉饼咖喱、炸土豆泥饼咖喱；炒菜类常见的有生姜烧、麻婆豆腐、炒茄子；油炸类常见的有炸大虾、炸蔬菜等。至于用鱼和牡蛎做的油炸料理，大概由于太贵的缘故，在学校食堂是吃不到的。盖浇饭中常见的有牛肉盖浇饭、猪肉盖浇饭和鸡肉盖浇饭。鸡肉盖浇饭的名字听起来有点残忍，叫“亲子”盖浇饭，就是把鸡肉和鸡蛋烩在一起做成盖浇饭。面条类根据面的加工方法主要分为又白又粗又软的乌冬面，又细又黄的鸡蛋拉面，还有既不白也不黄的荞麦面条等。
面食料理
日本有好几种面条，比如乌冬面、荞麦面和宽切面等，这些面食配料讲究，价廉物美。尤其是荞麦面条，是大众喜爱的食品。日本人用餐已逐步多样化，美式快餐、汉堡包、意大利面条，已部分替代了饭团。速冻食品受到主妇们欢迎，饺子、锅贴、包子、面类等中华料理也在日本走俏。从欧洲传入日本的西式点心，如蛋糕、小甜饼干、糠瓜儿，从中国传入或从禅寺素菜中演化而来的春卷、锅贴等，也被日本人看作菜品并受到青睐。
修行料理
修行料理又叫“精进料理”，意思是吃斋、吃素。其实，所谓精进料理就是不使用肉类的素菜料理。
此外，还有盒装冷餐御节料理，通常在新年的重要节日时食用。